Towarzystwo jest organizacją o charakterze naukowym i samokształceniowym, działającą na zasadach doktoranckiego koła naukowego. Do najważniejszych celów Towarzystwa należy:
- Integracja środowiska doktorantów poprzez rozwój współpracy naukowej i wymianę doświadczeń badawczych.
- Doskonalenie warsztatu i kształtowanie umiejętności pracy w zespole.
- Wsparcie w realizacji projektów badawczych.
- Upowszechnianie osiągnięć naukowych doktorantów.
- Współpraca w realizacji projektów badawczych ze studentami, doktorantami i pracownikami naukowymi Uniwersytetu Jagiellońskiego oraz innych uczelni krajowych i zagranicznych, szczególnie z innymi organizacjami o zbliżonym do Koła charakterze.
Powyższe cele Towarzystwo realizuje poprzez działalność naukową o profilu właściwym dla studiów doktoranckich prowadzonych na Wydziale Historycznym UJ, w tym szczególnie – poprzez działalność o charakterze interdyscyplinarnym, angażującą doktorantów z różnych dziedzin nauki historycznej.