Postanowieniem prezydenta RP pana Andrzeja Dudy prof. dr hab. Krzysztof Stopka otrzymał Krzyż Kawalerski Orderu Odrodzenia Polski.
Profesor Stopka od 1981 r. jest związany z Instytutem Historii UJ. Jego zainteresowanie badawcze dotyczą historii szkolnictwa, kultury i Kościoła w okresie średniowiecza i wczesnych czasach nowożytnych, a także historii Ormian i Kościoła ormiańskiego w Polsce. Stoi na czele Katedry Historii Kultury, Nauk Pomocniczych Historii i Archiwistyki. W 2016 r. otrzymał tytuł profesora nauk humanistycznych. W trakcie swojej działalności akademickiej wypromował sześciu doktorów oraz 54 magistrów i 17 licencjatów. Był także recenzentem trzech prac habilitacyjnych oraz siedmiu rozpraw doktorskich.
Na szczególną uwagę zasługuje jego działalność kulturalna oraz organizacyjna na rzecz ochrony kultury i dziedzictwa narodowego. W latach 2004–2011 prof. Krzysztof Stopka pełnił funkcję dyrektora Archiwum Uniwersytetu Jagiellońskiego. W jego ramach utworzył Oddział Badań Dziejów Uniwersytetu Jagiellońskiego, którego celem jest rozwijanie historiografii uniwersyteckiej poprzez edycję źródeł i badania nad różnymi instytucjami uczelni. We współpracy z Ambasadą RP w Waszyngtonie udało mu się pozyskać dla Archiwum UJ akta Institut für Deutsche Ostarbeit. Stanowiło to asumpt do powstania projektu badawczego realizowanego przez badaczy z Instytutu Etnologii i Antropologii Kultowej UJ.
Działalność kulturalną i naukową profesor kontynuuje na stanowisku dyrektora Muzeum Uniwersytetu Jagiellońskiego Collegium Maius, które piastuje od 2012 r. Krzysztof Stopka aktywnie działa na rzecz popularyzacji historii oraz ochrony kultury i dziedzictwa materialnego Ormian. Świadczą o tym liczne publikacje naukowe i zaangażowanie w różnorodne organizacje kulturalne i naukowe. Bierze udział w debatach naukowych czy audycjach radiowych oraz przyczynił się do przetrwania obrządku ormiańskiego w Polsce. W 2019 r., po wielu latach starań, z inicjatywy profesora Stopki oraz profesora Andrzeja A. Zięby, powstał w Polskiej Akademii Umiejętności Ośrodek Badań nad Kulturą Ormiańską w Polsce. Uwieńczeniem licznych działań profesora jest powołanie do życia pierwszego polskiego czasopisma naukowego "Lehahayer", poświęconego historii polskich Ormian. Stoi na czele redakcji międzynarodowego rocznika "Opuscula Musealia". Jest również członkiem wielu komitetów redakcyjnych, instytucji naukowych i kulturalnych.