Dwusemestralne, odpłatne Podyplomowe Studium Muzeologiczne prowadzone przez IEiAK UJ zapewnia możliwość kontynuowania edukacji w zakresie muzealnictwa ogólnego na poziomie ponad licencjackim oraz pozwala spełnić wymogi klasyfikacyjne dla uzyskania tytułu służbowego kustosza określone Rozporządzeniem MKiDN z dnia 7 sierpnia 2012 roku (Dziennik Ustaw z 17 sierpnia 2012 roku, pozycja 937). Zajęcia dydaktyczne prowadzone są przez pracowników naukowych Uniwersytetu Jagiellońskiego oraz innych ośrodków badawczych, a także specjalistów z wybranych muzeów. Program Studium obejmuje ponad 200 godzin zajęć podzielonych na 10 sesji, z których każda trwa od piątku do niedzieli. Spotkania odbywają się raz w miesiącu między październikiem a lipcem. Warunkiem otrzymania dyplomu jest aktywne uczestnictwo w zajęciach i uzyskanie z nich zaliczeń oraz pozytywna ocena z pracy dyplomowej.