Studium Doktoranckie Wydziału Historycznego UJ rozpoczęło działalność 30 września 1992 roku. Z uwagi na fakt wyłonienia Wydziału Historycznego UJ ze struktury Wydziału Filozoficzno-Historycznego UJ, nowopowstałe Studium Doktoranckie stanowiło kontynuację Studium Doktoranckiego Wydziału Filozoficzno-Historycznego UJ, a wśród jego słuchaczy było 12 osób, które rozpoczęły studia jeszcze na Wydziale Filozoficzno-Historycznym. W roku akademickim 1992/93 powołano Komisję ds. Studium Doktoranckiego, w której zasiadali Panowie Profesorowie: Maciej Salamon, Leszek Dzięgiel, Kazimierz Godłowski, Jan Ostrowski, Kazimierz Przyboś, Michał Pułaski i Zygmunt Szwejkowski. Pan prof. Kazimierz Przyboś, kierujący wcześniej Studium Doktoranckim Wydziału Filozoficzno-Historycznego UJ, objął obowiązki pierwszego kierownika Studium Doktoranckiego Wydziału Historycznego UJ. Następnie funkcję tę sprawowali Panowie Profesorowie: Antoni Cetnarowicz (w latach 1993-2005), Krzysztof Zamorski (w latach 2005-2016) i Wojciech Mruk (w latach 2016-2024).

W pierwszych latach istnienia na Wydziałowe Studia Doktoranckie przyjmowano po dwadzieścia kilka osób; w październiku 1994 roku 22 osoby (10 ze stypendiami i 12 bez stypendiów), rok później 23 osoby (12 osób ze stypendiami i 11 bez stypendiów). Po pierwszych czterech pełnych latach istnienia Wydziałowego Studium Doktoranckiego i czterech rekrutacjach - czyli w roku akademickim 1995/96 - w studiach doktoranckich uczestniczyło 65 osób. W roku 1997 nastąpiła wyraźna zmiana liczby przyjmowanych na studia. Na I rok przyjęto wówczas 55 osób (12 ze stypendiami oraz 43 bez stypendiów). Była to największa rekrutacja w całej historii Wydziałowych Studiów Doktoranckich. Kolejne rekrutacje były już nieco mniejsze. W roku 1998 przyjęto 49, a w roku 2000 51 osób. Zmniejszała się też liczba stypendiów dla doktorantów I roku. W 2003 roku spośród 45 osób przyjętych na studia tylko dwóm przyznano stypendia. W latach 2006-2009 ustalono limit przyjęć na poziomie 30 osób, a od roku 2010 zwiększono limit przyjęć do 50 osób. W drugiej dekadzie XXI wieku pojawili się pierwsi doktoranci obcokrajowcy. Największą – czteroosobową - grupę obcokrajowców przyjęto w 2012 roku. W 2017 roku zostały zmienione przepisy stypendialne, co spowodowało ograniczenie liczby doktorantów przyjmowanych na I rok (w roku 2017 przyjęto tylko 20 osób).

 

18 lipca 2018 roku została przyjęta ustawa Prawo o szkolnictwie wyższym i nauce, w której przewidziano wygaszenie studiów doktoranckich i zastąpienie ich Szkołami Doktorskimi. Ostatni nabór na Wydziałowe Studia Doktoranckie przeprowadzono we wrześniu 2018 roku, przyjmując 20 osób, z których 10 otrzymało stypendia. 

W okresie istnienia Wydziałowych Studiów Doktoranckich przeprowadzono 26 rekrutacji i na studia przyjęto ponad łącznie 1000 osób. W okresie największych rekrutacji liczba doktorantów na czterech latach studiów korzystających z regulaminowych przedłużeń przez kilka lat przekraczała 250 osób. Rekordowy był rok akademicki 2016/17, kiedy studia doktoranckie odbywały 274 osoby. 

 

Wejście w życie wspomnianej wyżej ustawy spowodowało stopniowe wygaszanie wydziałowych studiów i zmniejszanie się liczby doktorantów, co ilustruje poniższe zestawienie:

- rok akademicki 2019/20  - 167 osób odbywało studia doktoranckie 

- rok akademicki 2020/21 – 103 osoby odbywały studia doktoranckie

- rok akademicki 2021/22 – 67 osób odbywało studia doktoranckie

- rok akademicki 2022/23 – 32 osoby odbywało studia doktoranckie

- rok akademicki 2023/24 - 17 osób odbywało studia doktoranckie

W ostatnich trzech miesiącach przed wygaszeniem studiów doktoranckich, czyli w okresie między 1 października 2024 roku a 31 grudnia 2024 roku, status doktoranta miały już tylko trzy osoby korzystające z regulaminowych przedłużeń.

 

Uczestników Studiów Doktoranckich Wydziału Historycznego Uniwersytetu Jagiellońskiego znajdziemy wśród pracowników różnych uniwersytetów, muzeów, archiwów i innych instytucji kultury. Ustalenie dokładnej liczby osób, które przygotowały i obroniły rozprawy w okresie studiów doktoranckich wymagałoby przeprowadzenia bardzo szerokiej kwerendy i śledzenia losów poszczególnych doktorantów. Między innymi dlatego, że w pierwszych latach istnienia Wydziałowego Studium Doktoranckiego przepisy ograniczały możliwość podejmowania stałej pracy przez osoby mające status uczestnika studiów doktoranckich. Doktoranci znajdujący zatrudnienie – np. jako asystenci w Instytutach naszego Wydziału albo innych instytucjach - przerywali studia, a do obrony rozpraw przystępowali nie będąc już doktorantami. W tym okresie sporo było też rezygnacji ze studiów, zwłaszcza wśród doktorantów, którzy nie otrzymywali stypendiów. Spośród przyjętych w roku 1994 dwunastu osób bez stypendiów w czasie I roku kształcenia zrezygnowały aż cztery.

 

Obsługą administracyjną Wydziałowych Studiów Doktoranckich zajmowały się Pracownice Dziekanatu Wydziału Historycznego UJ. Ważną rolę w funkcjonowaniu studiów doktoranckich wypełniała też Wydziałowa Komisja Stypendialna, w skład której wchodzili zarówno pracownicy naukowo-dydaktyczni Wydziału, jak i przedstawiciele doktorantów.